城里突然有许多怪物S人的时候。我去朋友家玩了，不过我有睡午觉的习惯，所以那天中午在朋友家吃过午饭后，我就在朋友的床上睡了，没想到等我醒来的时候，朋友一家已经全部不见了，打开睡觉之前关闭的手机，发现了十几个未接电话，还有几十条问我在哪里的短信。纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
